公元1398年,明洪武31年,远离明朝政治中心的会川卫城开始重建,负责重建的是会川(今会理)卫军民指挥使孙禧,此前因元朝降将月鲁帖木儿叛乱造成城内大部份民居官衙基本被毁,会川卫的政治地位与经济文化发展也亟需一片更广阔的空间以利于其布局和发展。
在元代以前,会理城并不在现在的位置,而是在城郊西北的高古城。从先人们当时的选择来看,西北黄土城是整片盆地的制高点,居高临下,易守难攻,位置扼东西南北交通要津,与各部落之间遥相呼应,这里靠近水源,土质肥沃,易于耕作、取土窑烧,是一个理想的守城安营之地。
到了明朝洪武年,历经了月鲁帖木儿叛乱的风云诡谲之后,从江西临安府、南京应天府等地戍边而来的士兵屯军于此,县城周边的各种武装势力得到了肃清,朝廷在当地设置了四川行都指挥使司下辖的会川卫。
明朝的卫所制度乃是在地方实行的军事建制,级别相当于或略高于今天的地级市,实际上又是对历史上早已有之的屯成制度的加强和发展。“四川行都司“的五个卫各置军民指挥使司,建制升格之后,会川卫城址的搬迁重建被提上了议程。
中国早期的城池,绝大多数是土筑,到了明代以后,各地的城墙才开始大规模包砖。因此在中国古代历史的绝大多数时间里,城池都是一副灰头土脸的黄秃模样。
在城河边这一片更加平坦广袤的土地上,孙禧最先着手构建的也是一座土质城垣,形成了会川卫大致的城市格局。在高大厚实的城墙外,与城墙平行的还有人工挖掘的宽深壕堑,并以引注河水,成为护城河。继任的指挥李毅再在城墙的外层包砌砖石,砖石之间以石灰、糯米汁、猪血等调和的粘接剂黏合,今天的会理古城仍能看到部分的城墙残垣便是采用这种称为“金包银”的建筑方式,墙砖之间至今仍紧密相连,牢固结实。
建好后的会理城“城高二丈三尺,周七里三分,计一千三百一十四丈,厚一丈二尺,垛口一千五百一十四个,城铺三十座;濠宽三丈,深八尺,广一千三百二十二丈”,一座四门齐备,城高河深的完整城池便矗立在南丝古道上的川滇交界之地,成为连接南北交通的要津。弹丸之地的小城内,竟然集全了州署、守府、药局、考棚、书院、孝署、庙宇和大量民居等建筑,成为中国古代城市格局的典型缩影。
清咸丰十年(1860年),云南回民起义攻城毁楼,后弃城而去。同治六年(1867年),于城北部修筑了外城,设东西北三关。外城为土城,“自内城东北角起至西北角止,周三方,长五百一十二丈五尺,高一丈六尺,厚七尺,垛口四百五十六个”。清雍正十二年,在城中心十字大街建成钟鼓楼,清乾隆时续修完工,成为会理古城的标志性建筑,同时也完成了古城形制的整体构筑,形成了穿城三里三、围城九里三、以南北中轴线为主的四街三关二十三巷的棋盘式格局且保存至今。